Северо-Кавказский зональный научно-исследовательский ветеринарный институт организован приказом Совета Министров РСФСР № 292 от 8 мая 1968 года.
Институт имеет глубокие исторические корни и традиции. С ним связано зарождение и становление ветеринарной науки не только на Дону, но и на всем Юге России.

История института уводит нас в далекий 1896 год, когда в Новочеркасске былаобразована первая на Дону ветеринарно-бактериологическая станция для приготовления сибиреязвенных вакцин и проведения диагностических исследований, положившая начало не только современному институту, но и зарождению ветеринарной науки на Дону.

Станция, переименованная в 1910 году в ветеринарно-бактериологическую лабораторию, становится лучшим ветеринарно-бактериологическим учреждением военного ведомства России. И.И. Гордзялковский, Н.С. Нечаев, А.И. Великорецкий, К.А. Голосницкий, Н.В. Баталин, Л.И. Попов, Р.Н. Костанянц – они были первыми, которые вступили в схватку с жесточайшими заболеваниями сельскохозяйственных животных, разорявшими богатейший южный регион.
    После революции Донская ветеринарная лаборатория была преобразована в Донской ветеринарно-бактериологический институт (1920-1929 гг.).
30-е годы XX века – конец земской ветеринарии и перевод животноводства на путь интенсивного ведения. Естественно это вызвало массу новых проблем и забот ученым и ветеринарам-практикам. В этот период происходит дальнейшее укрупнение института – он реорганизуется в Северо-Кавказский научно-исследовательский ветеринарно-зоотехнический, а затем профилактический институт (1929-1934 гг.) с пятью специализированными филиалами в городах Армавире, Ставрополе, Пятигорске, Орджоникидзе и Буйнакске. Институт становится центром научной ветеринарии Северного Кавказа. Впоследствии филиалы превратились в самостоятельные научно-исследовательские учреждения.
     Годы войны были тяжелыми для всего народа и, конечно же, для ветеринарных специалистов. В этот период на плечи научных сотрудников легла величайшая ответственность за сохранение ветеринарного благополучия животноводства в условиях колоссальных перемещений скота при эвакуации. Ветеринарная наука с честью выдержала это испытание, не допустив эпизоотий, бесперебойно снабжая войска продуктами питания, сохранив племенное поголовье. 
После войны главная задача состояла не только в восстановлении разрушенного войной хозяйства, но и его развитие, прежде всего животноводства. В связи с изменениями границ областей и краев институт переходит в статус Азово-Черноморской краевой научно-исследовательской ветеринарной станции (1935-1938 гг.), затем в Ростовскую областную научно-исследовательскую ветеринарную опытную станцию (1935-1956 гг.) и после - в Ростовскую областную научно-исследовательскую ветеринарную станцию (1956-1968 гг.).
      В 60-х годах XX века регион Северного Кавказа и Нижнего Поволжья, где было сосредоточено большое количество скота, переходит на новый виток развития по пути дальнейшей интенсификации животноводства. Сложные задачи, ставшие перед специалистами аграрной отрасли потребовали новых подходов к их решению.
Возникла необходимость скоординировать работу областных и краевых ветеринарных станций в едином научно-исследовательском центре. Так, в 1968 году на базе Ростовской НИВС был организован Северо-Кавказский зональный научно-исследовательский ветеринарный институт. Перед коллективом института была поставлена задача разработать и совершенствовать меры борьбы с болезнями, регистрируемыми в хозяйствах Ростовской, Волгоградской и Астраханской областей, Краснодарского и Ставропольского краев, Калмыцкой АССР. Имея за плечами богатейший опыт борьбы предшественников, профессора В.П. Миловзоров, И.А. Дукалов, Ф.П. Локтева, С.С. Парчевский, П.А. Захаров, Н.А. Михин, Б.М. Гурвич, Б.П. Пацевич, В.И. Пухов, Н.А. Раевский и многие другие, вели успешную борьбу с такими опаснейшими эпизоотиями, как чума рогатого скота, сап лошадей, сибирская язва и другими заболеваниями сельскохозяйственных животных. Северо-Кавказский ЗНИВИ, развиваясь количественно и качественно, выполняет роль субкоординатора нескольких больших проблем совместно с 12 научными учреждениями и ВУЗами Северного Кавказа и Нижнего Поволжья, поддерживает тесные связи с 17 областями РСФСР, Украинской ССР, с 6 автономными республиками страны. Становится постоянным участником международных конгрессов и симпозиумов, более 400 всесоюзных, республиканских и областных совещаний и конференций, ВДНХ.
     Научные сотрудники СКЗНИВИ Ф.П. Локтева, Н.Ф. Щербань, Г.П. Щербань, В.И. Дегтярев, А.К. Голосницкий, В.К. Паракин, Е.В. Башмакова, Т.Г. Воскресенская, Л.А. Малышева, Г.Д. Фирсова, В.Ф. Шаталов, Е.Е. Нехаев, И.А. Нестеров, В.А. Поликарпов, Э.П. Карева, А.И. Пиголкин, М.А. Попов, Б.Л. Дубовой, А.Я. Кулик, А.П. Воробьев, В.П. Коркишко, В.В. Пиголкина, А.Г. Ирский и другие оказывали огромную научно-практическую помощь животноводству региона по диагностике, терапии и профилактике хронических инфекционных заболеваний (туберкулез, бруцеллез, лейкоз, хламидиоз), болезней молодняка вирусной и бактериальной этиологии, болезней обмена веществ, репродуктивной системы, паразитарных заболеваний, отравлений животных. Большую помощь оказывали специалисты института по защите сельскохозяйственных животных на специализированных промышленных предприятиях (комплексах). Коллективом СКЗНИВИ в этот период были созданы новые вакцины, препараты, диагностикумы, более 70 научных разработок утверждены НТС Минсельхоза СССР, РСФСР, облисполкомов региона, 7 из них в качестве инструкций, наставлений, методических указаний включены в ветеринарное законодательство страны. Авторские свидетельства, многочисленные дипломы и патенты – признание плодотворной работы коллектива института.